Il ghiacciaio Vatnajökull contiene l'8% della massa terrestre dell'Islanda sotto un ghiaccio che raggiunge i 900 metri di profondità in alcuni punti.
Le grotte di cristallo che si formano ogni inverno lungo il suo bordo meridionale vicino alla laguna di Jökulsárlón esistono grazie a una precisa collisione di scioglimento glaciale, calore vulcanico e fiumi subglaciali che scavano vuoti attraverso ghiacci millenari. Questi tour naturali delle grotte di ghiaccio nella regione di Jökulsárlón in Islanda sono architetture temporanee: crollano e si riformano ogni anno mentre il ghiacciaio avanza di circa 30 metri all'anno verso l'Atlantico, facendo staccare iceberg nella laguna adiacente dove le foche riposano sui frammenti galleggianti.
Il ghiaccio blu attraverso il quale cammini all'interno di queste grotte è neve compressa del Periodo Caldo Medievale, con sacche d'aria espulse nell'arco di 700 anni finché non rimane solo ghiaccio cristallino puro. Quella densità spiega il colore: le lunghezze d'onda rosse vengono assorbite mentre la luce blu si disperde attraverso la struttura molecolare. L'effetto si intensifica in inverno quando le nuove nevicate sigillano gli ingressi delle grotte e la luce del giorno entra solo attraverso pareti di ghiaccio spesse diversi metri. I geologi accedono a queste grotte per estrarre carote di ghiaccio che preservano record atmosferici risalenti a prima dell'industrializzazione: ogni banda orizzontale nella parete rappresenta la nevicata di un inverno.
Il Vatnajökull si trova sopra molteplici sistemi vulcanici attivi, incluso il Grímsvötn, che ha eruttato di recente nel 2011 e ha inviato inondazioni di acqua di fusione chiamate jökulhlaups attraverso la pianura di Skeiðarársandur. Le lingue glaciali meridionali del ghiacciaio, tra cui il Breiðamerkurjökull, terminano vicino alla Route 1, rendendo le grotte di ghiaccio tra le formazioni glaciali più accessibili d'Europa. Guide professioniste monitorano quotidianamente la stabilità strutturale durante la stagione da novembre a marzo, quando le temperature sotto lo zero mantengono le caverne navigabili. Al di fuori di quella finestra, lo scioglimento estivo rende le grotte instabili e inaccessibili.
La laguna di Jökulsárlón si è formata solo negli anni '30 quando il Breiðamerkurjökull ha iniziato il suo ritiro; il lago copre ora 18 chilometri quadrati e raggiunge profondità di 260 metri, rendendolo il corpo idrico più profondo dell'Islanda. Gli iceberg che si staccano dal ghiacciaio vanno alla deriva attraverso la laguna e si arenano sulla Diamond Beach, dove la sabbia vulcanica nera incornicia pezzi traslucidi di ghiaccio antico. Questo termine glaciale funge da punto di partenza per i biglietti del tour delle grotte di ghiaccio in Islanda a Jökulsárlón, con convogli di super jeep che partono dal bordo della laguna per raggiungere gli ingressi delle grotte attraverso la superficie del ghiacciaio.
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